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１　所有者であるお母様が物件を売却することについて，理屈上は可能ですが，現実には，居住者がいる物件を買う人は稀であろうかと思います。
　　また，基本的に，売主は，買主に対して，完全な物件を引き渡す義務があるため，引渡し日までに，居住者を退去させなければ，売主が損害賠償責任を負います。

２　従前，無償の居住を認めていたのであれば，賃料等の請求はできません。
　　法的には，明渡しを求めることになろうかと思います。

３　任意の交渉により解決の見込があるのであればよいですが，そうでなければ法的手段を講じるほかないでしょう。
　　名義変更や遺贈は可能でしょうが，相続時に，遺産の前渡しである特別受益，と判断される可能性はあります。

なお，財産管理や遺言は，何より「ご本人」のご意向を重視しなければなりません。その点，ご留意下さい。

ご相談のように、遺言が長期間執行されないまま受遺者が死亡した場合の取扱いについては、一般論としては、以下のとおり整理されるかと思います。

＞遺言者の死亡により遺言の効力が生じた後で、遺言の執行をせずに放置したまま受遺者が死亡した場合はどうなるのでしょうか？遺言が無効になるのか？
＞遺言には一般債権のような時効があるのか？それとも、遺言が有効な限りは、受遺者の相続人にその権利が引き継がれるのか？

遺言は遺言者（本件ではお祖母さま）の死亡時に効力が生じており、その時点で遺贈は有効に成立します（特定の不動産の遺贈であれば、一般に、所有権は遺言者の死亡時に受遺者に移転すると解されています）。
その後、遺言の執行手続（たとえば所有権移転登記など）が長期間行われなかったとしても、そのことを直接の理由として遺言の効力が無効になることは通常ありません（一般債権のような消滅時効の制度はありません）。

そして、受遺者がその後に死亡した場合には、受遺者が取得した権利・地位は、その相続人に承継されます。

＞もし、受遺者の相続人に遺言書の権利が引き継がれるなら、たとえ遺言自体が執行されていなくても、もはや相続人としての責任はなくなるのでしょうか？（例えば、相続登記の義務や固定資産税の支払い等）

この点については、責任がなくなるわけではありません。

まず、遺言者の相続人は、遺贈を実現するための手続（登記への協力など）を行う義務を負います。

また、固定資産税については、登記名義が遺言者のままである場合には、市役所等との関係では、遺言者の法定相続人が納税義務者として扱われる可能性が高いです。
もっとも、実質的には受遺者（現在はその相続人）が不動産を所有する状態にありますので、遺言者の相続人が負担した税金については、受遺者の相続人に対して精算（求償）を求める余地があります。

本件は、遺言の未執行期間が長期に及んでいることから、権利関係が複雑化している可能性があります。
具体的な事情によって適切な進め方が変わることも十分に考えられますので、一度、資料一式をもとに専門家へご相談のうえ、整理・対応されることをおすすめいたします。

時効取得については、まず法律論としても複雑な点があることと、それを置いたとしても、事実上、時効完成までの占有状態の立証という点の問題があります。
そのため、お問い合わせについては、ある程度一般論としての回答となりますが、時効期間の計算については、前の所有者の占有を合算することが出来ます。
したがって、今回も合算をすることに積極的な障害がなければ、合算して時効取得を主張することは可能だと思います。

回答いたします。
不動産の名義変更と相続税の発生は関連がありません。
税務署から問い合わせがなくとも、相続税が発生しているのであれば、自主的に申告する必要があります。
申告すべき場合に申告していない場合、相続税がペナルティとして加算されます。
税務調査がなされると、遺産の全容が明らかになってしまうでしょう。

遺言等で持戻しの免除の意思を明確にしていれば可能です。
なお、弊所では税理士と共に対策することも可能です。

ご検討いただきますようお願いいたします。

「覚書」が自筆証書遺言の形式を満たしている場合には、「遺産分割の禁止」として５年間の遺産分割が禁止される可能性があります。
民法９０８条１項では、「被相続人は、遺言で、（中略）相続開始のときから５年を超えない期間を定めて、遺産の分割を禁止することができる。」と規定されています。
「共有持ち分とする」との表現は、「誰かの名義にせずに共有のまま置いておく」との意味に取れますので、「遺産分割を行うな」（＝遺産分割の禁止）と解釈することが可能です。
もっとも、遺産分割の禁止は最長５年ですので、５年経過後に遺産分割を行うことは可能です。
また、そもそも、「覚書」が自筆証書遺言の要件を満たしていなければ、効力はありません。
なお、「かなりの部分」というのは、実際の覚書ではどの部分か特定されているのでしょうか？文字どおり「かなりの部分」と記載されているのでしたら、どの部分かを特定できないので遺産分割禁止の効力はないものと思います（私見）。

相続人間で締結されたものではありませんので、他の親族が何と言おうと今回の相続手続においては効力を有しません。よって、相続人間で自由に協議の上分割してください。