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所有の意思をもって、平穏に、かつ、公然と他人の物を一定期間占有した者は、その所有権を時効取得します。これを取得時効の制度といいます。
この「一定期間」は、「その占有の開始の時に、善意で無過失であれば「10年間」で足り、そうでないときは20年間が要件となります（民法１６２条）。
また、質問文は「40年以上平穏無事で」とありますので、「平穏に、かつ、公然」の要件は、充足していると思われます。
そして、「所有の意思をもって（自分の物と思って）‥‥他人の物を占有」という重要な要件に関しては、他人に物を貸すという間接的な占有でも成立します。したがって、文中の「使用（賃貸）していた」も充足しています。
詳細な事情については分かりませんが、当該土地について時効取得の主張をする前に、各要件の成否につきさらに綿密に再検討されてみることをお勧めします。

まず現在の建物所有者を調査しないことには何も話が進みません。
登記の住所を基に住民票や戸籍を取得していくことになりますが，ご自身で難しければ，弁護士に依頼するほかないでしょう。
その上で，どのような契約関係に基づいて建物が存在するのか，それにより対応も異なると思います。それも明らかでなければ，所有者との新たな交渉により解決を図るほかないでしょう。
弁護士費用（報酬）については，得られる経済的利益に基づき算定されるのが一般的です。本件でいえば土地の価格がそれにあたるかと思います。現在，弁護士報酬は各弁護士が独自に定めていますので，依頼する弁護士にご相談下さい。

「覚書」が自筆証書遺言の形式を満たしている場合には、「遺産分割の禁止」として５年間の遺産分割が禁止される可能性があります。
民法９０８条１項では、「被相続人は、遺言で、（中略）相続開始のときから５年を超えない期間を定めて、遺産の分割を禁止することができる。」と規定されています。
「共有持ち分とする」との表現は、「誰かの名義にせずに共有のまま置いておく」との意味に取れますので、「遺産分割を行うな」（＝遺産分割の禁止）と解釈することが可能です。
もっとも、遺産分割の禁止は最長５年ですので、５年経過後に遺産分割を行うことは可能です。
また、そもそも、「覚書」が自筆証書遺言の要件を満たしていなければ、効力はありません。
なお、「かなりの部分」というのは、実際の覚書ではどの部分か特定されているのでしょうか？文字どおり「かなりの部分」と記載されているのでしたら、どの部分かを特定できないので遺産分割禁止の効力はないものと思います（私見）。

「親の面倒をみる」ということは扶養義務を履行するということですので、弟さんの同意は必要ありません。

　弁護士白濱重人

あなたの事情を伺った上で、一般的な見解を述べさせていただきます。

あなたの母がまだ判断能力がある場合、家屋や土地の名義をあなたに変更することは可能です。この場合、贈与となり、贈与税が掛かる可能性があります。しかし、1人の親から子への贈与には1100万円までの控除がありますので、その範囲内であれば税金は発生しません。ただし、全体の価値がその額を超える場合や、その他の贈与がある場合は注意が必要です。、
なお、母が今後に判断能力がなくなることに備え、民事信託という契約もあります。母（委託者）があらかじめ財産をあなた（受託者）に任せて自身のために管理させることができます（母は受益者にもなる）。そして、民事信託には、死後残された家族のために財産を意思どおりに使う契約もあります。

次に、母がすでに認知症で判断能力がないと判断される場合、成年後見制度を活用して、後見人や保佐人として名義変更をする必要があります。この場合も贈与とみなされ、贈与税の問題が発生します。

特別養護老人ホームへの入所にあたり、資産として計上される家屋や土地を処分することで、自己負担金を軽減することが可能です。ただし、それには適切な手続きとタイミングが必要です。

登記の変更は、司法書士などの専門家に依頼することで、手続き自体は簡素に行うことが可能です。ただし、これには費用が掛かりますので、ご注意ください。

以上に記載した内容は一般的な事例に基づいておりますので、具体的な状況により異なる可能性もあります。最終的な判断は相談者自身が行うか、専門家に依頼する形になるかと思います。より具体的なアドバイスを求める場合は、税理士や弁護士などの専門家にご相談されることをお勧めします。

売却する方法としては、法定相続人３名全員の同意によるか、遺産分割により一人に集約させてからその人が売却するかの方法が考えられますが、いずれにしても法定相続人の一人である弟様の押印等が必要になります。連絡が取れないのであれば、弁護士を通じて連絡を取ることを試み、それでも応答が無いようであれば、遺産分割審判を申し立てて、弟様の相続分をゼロとする審判をもらうことになると思われます。

この状況では、法律的に父が建物の取り壊し費用を負担する義務があるかは、いくつかの要素により決まります。まず、叔父が亡くなった際の遺産にどう関与しているかが重要で、遺産相続を放棄していたり、既に遺産分割協議が行われていれば、負債などの相続の対象からは除外されます。

次に、養父の所有の建物についても、それが叔父の財産となったかどうかは遺産の範囲を確定するために重要です。養父が亡くなった際、その遺産（建物含む）が全て叔父に相続されていなければ、建物の取り壊しに関する責任も、叔父、もしくは叔父の遺産相続人にはない可能性があります。

最後に、借地権の問題ですが、本来、借地権者が土地を返却する際には、原状復帰の義務があります。すなわち、借主が建てた建物は取り壊す必要があります。しかしながら、具体的な契約内容や地域の慣習、事実関係により異なるため、詳細は専門家に相談することをお勧めします。
　また、ご相談する前に、養父母の娘（「養母の連れ子」という。）が「養父母の家計（「家系」）からは籍を外し」とあるが、相続人であるかを戸籍を取り寄せて、念のため確認してみてください。

複雑な状況のため、詳しいアドバイスを得るには弁護士や司法書士に相談することをお勧めします。