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書面によらない贈与は、解除が可能です（民法５５０条本文）。
ただし、履行の終わった部分については、解除できません（同上但書）。

本件でも、書面による贈与であれば解除ができませんので、返す必要はありません。
書面によらない贈与であったとしても、既に移転登記も終えているのであれば、履行を完了したと認められるので（最判昭40.3.26民集19巻2号526頁）、やはり返す必要はありません。

ご相談内容からは、移転登記も終えてるようですので、錯誤等のその他の取消事由がなければ、返還を求められても返還する必要はないです。

ご質問ありがとうございます。
１　相手には、まず下記の点を確認いたします。
　①相続人が誰か。お父様との関係(配偶者、子など)。　法定相続分を計算する。
　②遺産の範囲　不動産（登記簿謄本（全部事項証明書）、固定資産評価証明書）、預貯金（通帳のコピー）、有価証券（証券会社からの通　　　　　　知）など遺産の種類とそれが分かる資料
　③遺言書の有無、ある場合は遺言書の内容
２　「上記１の資料等がいただけないと検討することができません。」と回答する。
３　上記１の資料等が提出されれば、法定相続分とそれに応じた金額が出せます。
　　不動産・有価証券等の評価額は問題になります。
４　具体的な分け方の協議

まず、お父様が廃業と仰っていたとのことですが、
「法務局の確認したところ、廃業ではなく休眠の状態である事が判明した。」
この点、一般的に「休眠」を「廃業」と表現することはとても多いです。
むしろ、ご自身が「廃業ではなく休眠」と捉えたことにはなにか特別な理由があるのでしょうか。
「父個人の遺産は相続をするつもりでいたが、経営していた会社に借金が残っているかもしれないと不安になった。」
その可能性はあると思います。
「死亡した父の休眠中の株式会社に負債があるか知りたい」
信用情報などで調べてみることをお勧めします。
「遺産の相続と株式会社の相続は別物と考えていて」
この点、なぜ別物と思ったのか、理由はなにかあるのでしょうか。事情によりますが、お父様が代表者であれば、通常、会社の債務について保証人になっているため、実質的に別物になることは稀だと思います。
「15年前から事業の実態はなく、会社の重機、土地などは売却している状態である」
そうであれば、相続した後に、会社債務及びお父様の保証債務を時効援用して消滅させてしまうという方法もあります。
いずれにせよ、おそらく前提事実や法的知識について、かなり不安を感じますから、一度弁護士に相談に行くべきかと思います。
予期せぬ債務の抱え込みは、絶対に避けたいところですよね。

遺産分割協議を申し入れて、なにも連絡がなければ、家庭裁判所に調停を申したてることになります。

法定相続人不在の甥っ子さんの死後の対応についてのお悩みですね。
まず、前提として、甥っ子さんには法定相続人がおらず、かつ、ある程度の遺産があるわけですね。
既に、葬儀等を行っておられるため、葬儀等の契約者はご自身でしょうから、支払義務はご自身にあります。
そのため、今後の法事も同様、やるからにはご自身が負担するだけとなります。
というのも、別に葬儀も法要も、法律上必要ではないためです。
ここで、火葬等最低限のものは必要だということはそのとおりですが、これについては、本来、ご自身が負担をすることを前提に葬儀の契約などをする前であれば、市役所が税金で負担してくれました。ですが、すでに市役所はご自身に丸投げしたあとですから、これも難しいように思います。
（一度確認してみるのもいいですが、またたらい回しにされるのが目に見えています。市役所は重要なことは言いません。）

さて、ご自身の負担ということはご理解いただけたと思いますが、このあと、事後的にも回収や補てんがされないかということに話を進めますと、現実的には期待できません。
そもそも、負担をしない対応をすべきでした。
例外的にあるとすれば、甥っ子さんの財産について利害関係人として相続財産清算人の選任を家庭裁判所に求め、ご自身の支出を特別縁故者として支払ってもらうというような方法も考えられますが、かなり大変な手続きとなります。もし、検討するのであれば、地元の、相続財産清算人関係の経験がある弁護士に相談してみると良いと思います。

⑴　遺言書が自筆証書遺言のため、まずはその遺言が有効かどうかを確認する必要があります。「検認」を受けたから遺言が有効と認められたというものではありません。法律で定められた自筆証書遺言の要件をみたしているかどうか、遺言能力があったか否かなど、まず遺言が有効か否かを確認する必要があります。
⑵　次に、遺言が有効だとしますと、あなたが受け取るべき１０００万円が遺留分を満たしているかどうかを確認する必要があります。相続人は、配偶者の妻とあなたの二人だけのようですので、あなたには１/４の遺留分があります。仮に、不動産や預貯金の合計が８０００万円あるとしますと、あなたには最低２０００万円の遺留分があることになり、１０００万円もらったとしましても遺留分額に１０００万円足りないことになります。このような場合には、相手方に遺留分侵害額請求をすることになります。
⑶　したがいまして、遺産の総額を確定し、あなたの遺留分額が１０００万円を超えるかどうかを検証してみる必要があります。なお、不動産は、時価額（取引価格）で評価されますので、不動産の価格が高い場合にはあなたの遺留分が侵害されている可能性があります。
⑷　遺留分の額が１０００万円未満であれば、１０００万円もらえば遺留分を侵害されることになりませんので、相手方に対して１０００万円を渡してくれるよう求めることになりますが、任意に渡してくれなければ、まずは調停の申立てをされたらいかがでしょうか。
　遺産の調査や遺留分侵害額の計算はなかなか難しいですので、弁護士にご相談されることをお勧めいたします。

⑴　まずは、遺産の調査から始めないといけませんね。お父様が保険に入っていたとのことですから、保険料の引き落とし口座を調べればどここの金融機関と取引があったかわかるはずです。また会社勤めをしてみえたのであれば、勤務先会社に給与の振込口座を問い合わせるといった方法も考えられます。
また、お父様が住んでみえた市町村役場で不動産名寄を取り付ければ不動産の有無も分かります。妹さんが教えてくれないのであれば、こうした調査をまずはするべきかと思います。
⑵　次に「保険」とのことですが、この保険はどのような保険でしょうか。生命保険でしょうか。「名義変更」とありますが、この「名義」とは契約者名義でしょうか? 仮に契約者の名義を相続によって変更するということであれば、妹さんの同意がないと変更はできません。同意が得られない場合には、保険の解約返戻金相当額が遺産に属するとして遺産分割を求めることになります。また、「父親から私に変わる書類」に妹さんがサインされたとのことですが、その「書類」が同意として認められれば、保険会社に対して名義変更を請求することになります。
　お近くの法律事務所にご相談されることをお勧めいたします。
　　　弁護士白濱重人