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まず、お父様が廃業と仰っていたとのことですが、
「法務局の確認したところ、廃業ではなく休眠の状態である事が判明した。」
この点、一般的に「休眠」を「廃業」と表現することはとても多いです。
むしろ、ご自身が「廃業ではなく休眠」と捉えたことにはなにか特別な理由があるのでしょうか。
「父個人の遺産は相続をするつもりでいたが、経営していた会社に借金が残っているかもしれないと不安になった。」
その可能性はあると思います。
「死亡した父の休眠中の株式会社に負債があるか知りたい」
信用情報などで調べてみることをお勧めします。
「遺産の相続と株式会社の相続は別物と考えていて」
この点、なぜ別物と思ったのか、理由はなにかあるのでしょうか。事情によりますが、お父様が代表者であれば、通常、会社の債務について保証人になっているため、実質的に別物になることは稀だと思います。
「15年前から事業の実態はなく、会社の重機、土地などは売却している状態である」
そうであれば、相続した後に、会社債務及びお父様の保証債務を時効援用して消滅させてしまうという方法もあります。
いずれにせよ、おそらく前提事実や法的知識について、かなり不安を感じますから、一度弁護士に相談に行くべきかと思います。
予期せぬ債務の抱え込みは、絶対に避けたいところですよね。

１
共同相続人の1人（二男）が相続開始前から
被相続人（父）の許諾を得て遺産である建物において
被相続人と同居していたときは、
特段の事情のない限り、
被相続人（父）と右の相続人（二男）との間において、
右建物について、相続開始時を始期とし、
遺産分割時を終期とする使用貸借契約が
成立していたものと推認される。
という判例があります。
【最三小判平成8.12.17民集50巻10号2778頁】

2
そうすると、
遺産分割未了の現時点では、
二男は使用貸借契約
（二男と、被相続人の地位を承継した長男・長女間の契約）
に基づいて、
建物を使用している状態にあると解されます。

３
使用貸借契約においては、
「借主（二男）は、借用物の通常の必要費を負担する」
とされています。
【民法595条1項】

４
そうすると、
建物の修繕費などの「通常の必要費」は、
借主である二男が負担すべき、
という理屈が成り立ちうると思います。

５
水道光熱費については、
「通常の必要費」でもなく、
実質的に水道高熱契約を父から承継している二男が負担すべき、
ということになると思います。

ご参考になれば幸いです。

固定資産税や不動産の維持、修繕、管理に関わる費用は、その発生が、お母様の死亡前か死亡後かで、意味合いが異なってきます。死亡前に発生した固定資産税で未納のものや、例えば、死亡前に不動産の修繕をしたが、業者に未払いの修繕代金がある場合、要するに、債務につきましては、法定相続分に応じて負担するのが、原則です。しかし、本件のような場合相談者様が負担するようなことは、通常ありません。なぜなら、相談者様は、家屋や土地についても、当然に3分の1要求できるのであり、債務の額より土地家屋の3分の1に相当する額の方が大きいでしょうから、債務を負担しろなどと言ったら、相談者様から、それなら、土地家屋についても3分の1相続したいと言われ、お姉様が土地家屋を全部取得することができなくなってしまうからです。
次に、死亡後に発生した固定資産税や不動産の維持、修繕、管理に関わる費用についてですが、遺産分割の効力は、相続時に遡りますので、土地家屋につきましては、相続時からお姉様の所有であったことになります。お姉様の所有物について、その固定資産税や維持、修繕、管理費用を相談者様が協議により負担するなどということがあり得ないのは、当然です。
相談者様は、こちらは不動産について譲歩しているのに、こんな理不尽な要求をしてくるのであれば、分割協議に応じないと言って、分割協議を拒否し、お姉様が理不尽な要求を引っ込めるのを待てばよろしいと思います。相談者様が、早めに解決をしたいというのであれば、遺産分割調停を申し立てるべきです。遺産分割調停では、法定相続分、つまり、プラスの財産もマイナスの財産も3分の1ずつが基本となります。困るのは、お姉様だと思います。

まず、叔父からの脅迫について、記録を残すようにしてください。電話の内容、日時、脅迫の詳細などを詳細に記録し、可能ならば録音するなどして証拠を残すことが重要です。また、このような場合は、直ちに警察に通報した方がよいです。

次に、６年前に遺産分割を終えているため、祖父の相続に関して、叔父の要求に応じる必要はないです。
祖母の件については、叔父が応じてくれないのであれば、遺産分割調停を申してて進める必要があります。

現在の状況からすれば、叔父の態度が異常といえますので、弁護士に依頼することをお勧めいたします。
弁護士費用については一概にいえませんが、収入基準を満たせば、法テラスを利用することによって、分割払いにするなど、経済的負担を小さくすることができます。

土地の所有名義が母ということであれば、お母様の同意を得れば利用できるかと思います。
店については、株式会社や有限会社であれば、株式割合も重要になってくるかと思います。

具体的には、法律相談（初回無料）をお申し込みいただければ、もう少しご回答できるかと思います。
よろしくお願い致します。

弁護士の堀と申します。

返信が遅くなり申し訳ありません。

ご依頼の件でしたら、弁護士費用としては着手金で税別２０万円、
報酬として経済的利益の１６％（税別）を頂いております。
経済的利益に関しましては、仮にですが、この度相手方の主張を全てはねのけた場合、
３１０万円を排斥したということで、３１０万円の１６％が成功報酬ということになります。

ご検討いただけましたら幸いです。

ご質問ありがとうございます。
長男が生前贈与をどれだけ受けているか、判明すれば、特別受益として主張することができます。
長男が家業や看病をしてこられた点は、長男の寄与分となりえます。
いずれにしても、相続放棄を求めるのはやりすぎだと思いますので、
今後遺産分割協議をしていかれることをお勧めいたします。