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まず、本件では、2つの相続があります。①お父様の相続　お母さま2分の1　お兄様4分の１　奥様4分の1
②お兄様の相続　遺産は、お兄様の資産・負債＋①の相続によるお父様の遺産の4分の１です。
お兄様は、配偶者・お子さんはいないという前提で考えます(妻や子がいる場合は、これ以下の結論が変わります)。
お父様・お兄様が遺言書を作成していこと、お父様の遺産分割について、協議書をまだ作成していなこと(家は奥様が取得することに決定している場合でも、それが書面化され、お母さま・お兄様・奥様の印鑑登録証明書がなければ、基本的には家の登記ができません)。

お兄様の相続人は、お母さまだけです。お母さまが相続放棄すると、相続人は、奥様だけになります。
奥様も相続放棄すると、相続人がいないことになります。
この場合は、家庭裁判所(お兄様の最後の住所地を管轄する家庭裁判所)に相続財産管理人の選任の申立てをして、選任してもらいます。
相続財産管理人が(お兄様に変わって)、お父様の遺産について、お母さま・奥様と遺産分割協議をします。なお、相続財産管理人の選任には、家庭裁判所に印紙代・切手代のほか予納金(事案によりますが、５０万円以上になると思います。)を納付します。相続財産管理人は、法定相続分とおりの分割を希望します(そうでなければ家庭裁判所の許可が得られません)ので、法定相続分４分の１に相当する額を相続財産管理人に支払わなければならなくなります。

お兄様の相続については、お母さまが相続する。お父様の相続について、お母さまと奥様が協議して、家は奥様名義にし、その他はお母さまが取得する。債務は、お母さま名義に返済する。仮に、多額の債務があった場合、お母さまについて、任意整理。個人再生・破産の手続きをとる。お兄様の債務については、CIC等の信用情報機関に問い合わせをして調査をする。
こうすれば、お兄様の債務が多額で、お母さまが破産をするという最悪の場合でも、家は奥様名義ですから、手放さなくても済みます。

お父様・お兄様の遺言書やお父様の遺産について遺産分割協議書と３名の印鑑登録証明書がある場合は、上記の道筋が変わります。
以上

⑴　遺言書が自筆証書遺言のため、まずはその遺言が有効かどうかを確認する必要があります。「検認」を受けたから遺言が有効と認められたというものではありません。法律で定められた自筆証書遺言の要件をみたしているかどうか、遺言能力があったか否かなど、まず遺言が有効か否かを確認する必要があります。
⑵　次に、遺言が有効だとしますと、あなたが受け取るべき１０００万円が遺留分を満たしているかどうかを確認する必要があります。相続人は、配偶者の妻とあなたの二人だけのようですので、あなたには１/４の遺留分があります。仮に、不動産や預貯金の合計が８０００万円あるとしますと、あなたには最低２０００万円の遺留分があることになり、１０００万円もらったとしましても遺留分額に１０００万円足りないことになります。このような場合には、相手方に遺留分侵害額請求をすることになります。
⑶　したがいまして、遺産の総額を確定し、あなたの遺留分額が１０００万円を超えるかどうかを検証してみる必要があります。なお、不動産は、時価額（取引価格）で評価されますので、不動産の価格が高い場合にはあなたの遺留分が侵害されている可能性があります。
⑷　遺留分の額が１０００万円未満であれば、１０００万円もらえば遺留分を侵害されることになりませんので、相手方に対して１０００万円を渡してくれるよう求めることになりますが、任意に渡してくれなければ、まずは調停の申立てをされたらいかがでしょうか。
　遺産の調査や遺留分侵害額の計算はなかなか難しいですので、弁護士にご相談されることをお勧めいたします。

相談者様には、法定相続分があり、放棄しなければいけないことはありません。
場合によっては、妹様に寄与分といって介護したことの金銭的な評価が認められる場合はありますが、認められるのは限定的です。

したがって、法定相続分の行使はできる可能性が高いと考えます。

法定相続人不在の甥っ子さんの死後の対応についてのお悩みですね。
まず、前提として、甥っ子さんには法定相続人がおらず、かつ、ある程度の遺産があるわけですね。
既に、葬儀等を行っておられるため、葬儀等の契約者はご自身でしょうから、支払義務はご自身にあります。
そのため、今後の法事も同様、やるからにはご自身が負担するだけとなります。
というのも、別に葬儀も法要も、法律上必要ではないためです。
ここで、火葬等最低限のものは必要だということはそのとおりですが、これについては、本来、ご自身が負担をすることを前提に葬儀の契約などをする前であれば、市役所が税金で負担してくれました。ですが、すでに市役所はご自身に丸投げしたあとですから、これも難しいように思います。
（一度確認してみるのもいいですが、またたらい回しにされるのが目に見えています。市役所は重要なことは言いません。）

さて、ご自身の負担ということはご理解いただけたと思いますが、このあと、事後的にも回収や補てんがされないかということに話を進めますと、現実的には期待できません。
そもそも、負担をしない対応をすべきでした。
例外的にあるとすれば、甥っ子さんの財産について利害関係人として相続財産清算人の選任を家庭裁判所に求め、ご自身の支出を特別縁故者として支払ってもらうというような方法も考えられますが、かなり大変な手続きとなります。もし、検討するのであれば、地元の、相続財産清算人関係の経験がある弁護士に相談してみると良いと思います。

預貯金については、相続人であれば、金融機関に対して過去の出し入れの記録を開示してもらえます。まとまった金額が払い戻されている場合は、贈与された可能性があります。
土地、建物の生前贈与については、死亡前10年間の預金払戻による贈与も含めて、遺留分減殺請求をします（請求期間は1年で時効になります。）。
遺留分減殺請求というのは、相続人が子供3人の場合、贈与された金額（不動産は査定した金額＋贈与された預貯金）の6分の1の金額の支払いを請求することです。
請求の方法は交渉か、交渉が無理なら家庭裁判所の調停もしくは地方裁判所の裁判です。

ご質問の記載の「所有」や「使用」や「自分が」という言葉が、どういった意味で使用されているか、少しわからない点があるので、もしかすると少しずれた回答になるかもしれませんが、ご了承ください。

整理すると、
主債務者＝廃業済みの会社
保証人＝上記会社の代表者であった故人
だと思います。
また、１０年以上債務としては支払いはされておらず、主債務者及び保証人のいずれを見ても、そのように見える。
ということでしょうか。

これを前提とすると、時効援用は可能だと思います。
ローン会社に取引履歴の開示を求めてみてはいかがでしょうか。
この際に、相続放棄の期間中だと思いますが、放棄の検討のためとか理由を言って、相続するので払いますよというニュアンスにならないように注意してください。不安なら弁護士に任せることが望ましいです。

また、ご質問の点そのものではないですが、かなり異常な事情として、当該車はいまどこで誰か乗っているかわからないということですね。むしろこの点は大丈夫だとお考えでしょうか。
車検証もない使用者も別の車を誰かが乗っていて、それが無保険車だった場合、死亡事故等になれば、運転者だけではなく車の所有者に責任が来る可能性があります。
これをこのまま放置することはかなりのリスクだと思いますが、この点ご検討をいただいた方が良いのではないでしょうか。
老婆心ながら、ご質問以外のアドバイスとなります。

マンションの価額、手持ち現金、生前の贈与等、考慮すべき（詳しくお話しをお伺いすべき）事項が複数あります。
弟殿に代理人が就いているとのことですので、速やかにお近くの弁護士に相談されることをお勧めいたします（もちろん当事務所もご対応可能です）。