小林 航太 弁護士

おっしゃるとおり、本件の相続人は、①長男（ご主人の兄）、②長男妻（養子）、③～⑤ご相談者様のお子様方（代襲相続人）の計５名です。
ご主人の兄夫婦からの連絡がないとのことですので、お子様方が成人されている場合はお子様方から、お子様方が未成年者の場合はお子様方の法定代理人であるご相談者様から、ご主人の兄夫婦に連絡を取り、話を進める必要があると思われます。
ご主人の兄夫婦の連絡先が不明の場合、ご主人の戸籍謄本から遡る等して、住所を特定することができますが、そのような調査を含めて、お近くの弁護士にご相談・ご依頼されることをお勧めいたします。

相続の対象になるのはあくまでも相続時に有していた財産のみですので、今回の場合で言えば寄附をした後に残っている財産が遺産ですが、生前の寄付の時期・金額と、ご相談者様の法定相続割合・相続した金額次第では、遺留分侵害の問題が生じます。

相続人（兄弟姉妹を相続する場合を除きます）には遺留分という権利があります。これは、遺産を金銭的に評価した金額のうち、法定相続割合の２分の１の金額を保証するものです（法定相続割合が2分の1なら、遺留分割合は4分の1）。
この遺留分算定の基礎となる遺産の金額には、一定の条件で、生前に行われた贈与の金額も含むことになります。相続人以外への贈与（今回の団体への寄付はこれにあたります）の場合、原則は相続開始前１年以内に行われた贈与のみですが、例外的に、当事者（遺贈者・受贈者）の双方が遺留分権利者に損害を加えることを知っていた場合には、１年より前の贈与も含まれます。
生前の贈与等によって遺留分が侵害されている場合には、その贈与等を受けた相手に対して、侵害を受けた金額を支払うよう請求することができます（これを遺留分侵害額請求といいます）。ただし、遺留分侵害額請求は、自身の遺留分が侵害されていることを知ってから１年以内に行う必要があります。

ご相談者様の具体的事情が分かりませんので、以下仮定をして具体的に説明します。
　①お母様の生前の寄付：900万円（相続開始前１年以内に実施）
　②相続開始時に残っている財産：100万円
　③ご相談者様の法定相続割合：2分の1　→遺留分割合は4分の1
　④遺言の内容：財産の半分をご相談者様に相続させる
このような場合、ご相談者様の遺留分の額は、（100万円＋900万円）×1/4＝250万円となります。
一方、相続（遺言書）により取得した金額は、100万円×1/2＝50万円だけですので、250万円-50万円＝200万円の遺留分が侵害されていることになります。
そこで、寄附を受けた団体に対して、200万を支払うよう請求することができます。

具体的事情によって結論が左右されますので、弁護士に詳細なご相談をされることをお勧めいたします（当事務所でもご対応可能です）。

ご相談者様が把握していなかった被相続人名義の土地（私道）があることが判明し、その価額が約700万円であるという理解でよろしいでしょうか。
そうであれば、当然、その土地も、遺留分算定の基礎となる財産額に加えることになります。

甥が亡くなった場合、叔父が相続人となることはありません。逆の場合（叔父が亡くなった場合）は、代襲相続によって甥が叔父の相続人となることはあります。

今回ご相談の事案のように、相続人不在の故人の財産から葬儀費用等を負担してもらうには、家庭裁判所に、「相続財産管理人」を選任してもらう必要があります。
故人の葬儀費用等を肩代わりした場合には、「利害関係人」として、家庭裁判所に対して、相続財産管理人選任の審判を申立てることが可能です。
そして、選任された相続財産管理人に対して、肩代わりした葬儀費用等の支払いの請求をすることができます。
請求を受けた相続財産管理人は、社会的に相当な金額の範囲内で、葬儀費用等を支払います。必ずしも肩代わりした全額が支払われるとは限りませんが、最低限度の葬儀等をした場合には、全額が支払われる可能性が高いでしょう。

遺言書の検認期日はいつでしょうか。遺言書の内容次第で、どのような対応をとるべきかも異なってきますので、速やかに、お近くの弁護士にご相談されてください。