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借地権については、第三者に借地権付建物を売却する、地主に買い取ってもらう、地主から所有権を譲り受ける、地主と協力して借地権付建物を売却する、といった選択肢があります。手続きとしては民事調停がいいのかと思います。

回答いたします。
地主に借地権を引き取ってもらうということでしたら、地主が買う意向がなければ買い取ってもらうことはできません。
第三者に売却するということでしたら、買い取りたい第三者を見つければ売却できる可能性があります。

　相談者様が、お母様のご兄弟相手に、遺産分割調停・審判を申し立て、建物の価額相当額を支払う代償分割により、建物所有権を取得するのがよろしいと思います。管理が難しいのであれば、その後、売却します。建物はお祖父様の遺産ですので、遺産分割を求めるのはお母様ですが、お母様がお亡くなりになったことにより、相談者様が、お母様が有していた遺産分割を求める地位を相続したとして、調停・審判を申し立てることになります。
　なお、建物が朽ちて瓦礫になったとしても、建物所有権は瓦礫の所有権として残ります。とはいえ、瓦礫を相談者様が勝手に破棄しても、おそらく、他の相続人は文句は言わないでしょう。しかし、それには、相当長期間が必要ですし、その間、倒壊の危険等も生じるでしょうから、「特定空き家」に指定されて、固定資産税が高くなったり、行政の代執行により強制的に壊され、その費用を徴収される可能性もあります。建物倒壊により近隣の住民に損害が生じれば、賠償を求められます。朽ちるまで待つというのは、現実的ではありません。

お困りとのことでご回答させていただきます。

遺産分割手続についてですが、以下の順番で進めていくのが一般的となります。

１　相続人間での協議
　　まずは、相続人全員で、遺産をどのように分割していくのか協議することになります。
　　あくまで相続人全員での合意が必要となりますので、一人でも参加しない場合には、協議で話を進めることは出来ないことになります。

２　遺産分割調停の申立て
　　相続人間での協議を行うことが出来ない場合には、家庭裁判所に遺産分割調停を申し立てることなります。
　　調停内において、どのように分割を行うのかを協議していく形となります。
　　遺産分割調停でも解決することが出来ない場合には、審判手続きに移行し、最終的には裁判所が分割に関して判断を下すこととなります。

相続人同士での話し合いが難しい状況であれば、一度弁護士にご相談に行かれることをお勧めいたします。

結論から申し上げますと、特別受益にはあたらないと考えます。

特別受益たる贈与にあたるには、贈与の時点において、被贈与者が贈与者の推定相続人である必要があります。
本件の場合、住宅購入資金の提供（贈与）がなされたのは婚姻前のことであり、その時点では、再婚相手の女性（被贈与者）はお父様（贈与者）の推定相続人ではありません。ですので、特別受益にはあたりません。

お父様が、お父様の実兄（被相続人）の相続人となる場合かと思いますが、借地上の建物の収去などは大変お金がかかるものですし、その負担を負うのは過大な負担となろうかと思います。
しかし、相続人である場合、被相続人の賃借人たる立場も相続するため、収去の負担を負うことになります。費用は他に同順位の相続人がいるかどうかによります。
収去の負担を負いたくない場合、これは、相続放棄をするよりありません。
手続等について、裁判所にお問い合わせいただくか、地元の弁護士に相談なさってください。

回答いたします。
不動産の名義変更と相続税の発生は関連がありません。
税務署から問い合わせがなくとも、相続税が発生しているのであれば、自主的に申告する必要があります。
申告すべき場合に申告していない場合、相続税がペナルティとして加算されます。
税務調査がなされると、遺産の全容が明らかになってしまうでしょう。