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法律婚関係にないパートナーとの間のお子様の相続に関するご質問ですね。

まず、認知されていないお子様について、法定相続ができるようにするためには、認知を受ける必要があります。
パートナーの方がお元気であれば、話し合いで認知を求めるのが最善です。
お住まいの市町村役場に認知届を出すだけで足ります。
デメリットは、パートナーの方の法律婚の相手（配偶者）から、何らかの請求を受ける可能性が出てくることです。

今すぐに認知されることに問題がある場合は、遺言による認知もできます。
適切な形式で、パートナーの方に、認知の項目を含む遺言を作成していただきます。
相続が発生して初めて認知の効力が生じるため、ご生前にもめるリスクが少なくなります。

万が一、パートナーの方がすでにお亡くなりの場合は、死後認知訴訟を提起することになります。
相手方となるパートナーの方に代わり、検察官を相手に訴訟を行いますが、パートナーの方の相続人（法律婚の相手やその子どもなど）に通知がなされ、訴訟参加ができるため、実質的には相続人との間での訴訟になります。
この訴訟は、認知されていないお子様ご本人か、未成年の場合はその親権者が提訴することができます。

いずれにしても、パートナーの方のご病状や現在のご状況は、弁護士が介入しても確認することはできません。
もし、お亡くなりになっていることがほとんど確実であれば、死後認知訴訟の手続きの一環として確認できる場合もあります。
詳しくは、弁護士との法律相談にてご確認ください。

法定相続人である長男（相談者の叔父）が被相続人の財産を管理していたのに、その方から連絡がないとすれば、その理由は、①忙しいなどの原因で相続財産についての調査や手続が進んでいない可能性、②遺言公正証書が作成されていたたため、他の法定相続人の協力なく不動産や預貯金の名義変更ができる可能性の２つが考えられます。
　②の場合には、遺言公正証書で定められた遺産の処理が相談者の遺留分を侵害していないかどうかを確認し、侵害されていれば、遺留分侵害額請求を検討する必要があります。遺言書の有無やその内容は、叔父様に直接お尋ねすることも考えられますが、それを避けたいのであれば、最寄りの公証役場に対し、被相続人の法定相続人であることを示して遺言公正証書の検索を依頼することで、比較的容易に調査することができます。
　①の場合、遺産に属する預金や株式等の有無や金額、その状況等については、法定相続人であれば、金融機関等に対し、戸籍謄本等により被相続人の法定相続人であることを示して請求することにより、残高証明や取引履歴の交付を受けることができます。ご自身でおやりになるのが面倒であれば、弁護士を代理人に選任して行わせることもできます。
　ただし、弁護士に依頼して遺産の調査や各種手続・交渉等を依頼した場合には、結果として遺産がなかったとしても、少なくとも弁護士に対する着手金は負担しなければならず、他の相続人らが、弁護士費用を分担することに同意しない場合には、相談者だけがこれを負担しなければならないことになるものと思われます。
　こちらが何もせずに逡巡している間に、遺言公正証書に基づき遺産に属する財産の名義が変更された上、これらが処分され、費消されたり隠匿されたりしてしまう場合、あるいは、相続人の１人が勝手に遺産に属する預金や現金等を費消してしまう場合等が考えられますし、そのような場合には、後で遺留分侵害額請求や遺産分割調停の申立て等の法的な権利行使に及んでも、手遅れとなり、実際には回収できなくなってしまう虞もありますから、お１人で悩まれれるのではなく、とにかく、早めに一度弁護士に相談されることをお勧めします。
弁護士　坂田吉郎拝

相手方に司法書士がいるのであれば，その司法書士にお尋ねするのがよいかと思います。普通の司法書士であれば，職務として対応しているのですから，あるのかないのかはたまた不明なのかきちんと回答すると思います。
ちなみに金銭債務の場合は理屈上は分割債務となって各相続人が負担することになり，例え仲が悪い親族であってもその点は利害が共通する話ですから，あえてそれを隠す，ということはあまり考えられません。

目録の法的効力，ということについて，どういうことをイメージされているのかわかりませんが，それが絶対に正しいとはいえないでしょう。疑問があるのであれば目録に基づいてご自身で不動産登記を取得して確認されるとよいです。さらに，親御さんとご自身の戸籍を取得した上で，それを基に市町村の資産税担当部署に「名寄帳」を請求すれば，当該市町村内の不動産については存在が明らかになると思います。

遺産分割協議に応じるか否かはご相談者次第ですが，結局，遺産分割が行われない，というだけのことです。

なお，負債の調査に確実な方法はなく，一般には亡くなった方の家捜しをするか郵送される取引明細書などを手がかりに調査することになります。

直接のやりとりが嫌であれば，弁護士を代理人に立てるか（司法書士は代理人になれません），家庭裁判所に調停の申立をするほかないでしょう。

金融機関名を知らなくても、ご自身が相続人であることが分かる書類（戸籍など）を持参の上銀行の窓口で照会すれば、口座があるかどうか教えてもらえます。取引履歴も併せて取り寄せることができます。ただ、銀行ごとの照会ですので、銀行ごとに足を運ぶ必要はあります。
弁護位に依頼し、しかるべき調査を行った上で納得してから遺産分割協議書に調印でもよいかと思います。

今、手続き（遺産分割調停）はＷＥＢなどを使っているので相談しやすい地元の弁護士がいいでしょう。仮に出頭するとして長野でやる場合でも面談で相談できる方が安心感があるようです。司法書士は書類作成に留まるので基本は弁護士です。

お父様が死去された時点で相続が発生しており、後妻と貴殿を含めた子どもが相続人かと思います。その後後妻が死去しているとのことで、後妻の地位が後妻の子らに受け継がれます。したがって、後妻の子らと、お父様の相続について協議をすることになるかと思います。
その際、お父様の遺産として、退職金を後妻に生前贈与をしているように見え、これを相続財産として計算上組み入れるという考え方はあり得ますが、そのほかに残っている相続財産がなく、分けるものが全くない場合は、計算に組み入れても得られるものがないという可能性はあります。

１７年も前のことですとなかなか資料等も残っていないでしょうから、まずは再婚相手の相続情報を調査して、事情を知る人物（他の相続人）に話を聞いてみることが考えられます（相続人はどなたか判明していますか？）。税理士がいらっしゃったとのことですが、相続人であることを示せば可能な限り照会には応じてくれる可能性があります。
仮に遺産の情報が判明しても、任意での解決は難しいでしょうから、調停なりを利用することになろうかと思います。