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借金返済の切迫度合いと、お母様の病状とを勘案して判断となりますが、「特定遺贈」の形で遺言書を遺しておき、後日、相続放棄をするという方法でも良いかと思います。
（但し、不動産の名義変更の際の登録免許税が増えてしまいます）

CLOVER法律事務所の代表弁護士の宇田川です。
不動産が絡む相続案件を数多くご依頼頂いてきましたが、相続人間において、もっともよい分割方法を検討する必要があります。
その意味では、弁護士としての交渉力やまとめる力のみならず、不動産の知識が必要にないます。
不動産の分割方法は複数あり、選択を誤ると結果的に相続人全員が損をしてしまうリスクがあります。たとえば、1つの土地を分筆して各相続人が取得するという分け方（現物分割）がありますが、土地は分けると小さくなるため、元々の広さであれば建てられたはずの高い建物が建てられなくなる可能性があるのです。
現物分割が適する場合もありますが、そうでない場合は土地を分筆することで活用方法が狭まったり、価値が下がったりする恐れがあります。どの分け方が依頼者にとって最も利益になるのか、事案に応じてベストな方法を検討しながら進めることが重要です。

また、不動産鑑定士、司法書士、税理士、複数の不動産仲介業者などの専門家とのネットワークも不可欠です。

当事務所は初回相談無料ですので、一度、お気軽にご相談ください。

不動産を売却処分して代金を分割する場合には，全員にとって高く売れることが共通の利益であり現実に売却できた価格が不動産の価値なので，あまり評価が問題となることはありません。
一方で，どなたかが現物を取得する場合，その人にとっては取り分を「低く」評価された方が他の遺産分割との関係で利益となり，他の相続人にとっては全く逆で「高く」評価された方が自分の他の遺産の取得割合が高くなり，ここに評価の問題が生じます。
通常は話し合いの中でそれぞれが査定を取得して，大きな隔たりがないようであれば，さらに話し合いで落としどころを見いだすことになりますが，隔たりが大きく双方歩み寄りができないようであれば，法的手続の中で裁判所が選任する鑑定人による鑑定に委ねることになります。

「覚書」が自筆証書遺言の形式を満たしている場合には、「遺産分割の禁止」として５年間の遺産分割が禁止される可能性があります。
民法９０８条１項では、「被相続人は、遺言で、（中略）相続開始のときから５年を超えない期間を定めて、遺産の分割を禁止することができる。」と規定されています。
「共有持ち分とする」との表現は、「誰かの名義にせずに共有のまま置いておく」との意味に取れますので、「遺産分割を行うな」（＝遺産分割の禁止）と解釈することが可能です。
もっとも、遺産分割の禁止は最長５年ですので、５年経過後に遺産分割を行うことは可能です。
また、そもそも、「覚書」が自筆証書遺言の要件を満たしていなければ、効力はありません。
なお、「かなりの部分」というのは、実際の覚書ではどの部分か特定されているのでしょうか？文字どおり「かなりの部分」と記載されているのでしたら、どの部分かを特定できないので遺産分割禁止の効力はないものと思います（私見）。

妹さんの行動に不信感もあり、ご自身としてはお母様の今後の費用等も心配ということですね。
ところで、おそらくなのですが、妹さんが成年後見人をご自身にやってくれと言ってきているあたり、妹さんはあまり成年後見人の業務遂行について理解していないように思います。妹さんが頼んでいる弁護士も、どうでしょうか。わかっているかもしれませんが、わかっていない可能性があるように思います。
というのも、対象の不動産については、少なくとも元々お母様が住んでいた家だと思いますが、この場合、少なくとも裁判所に居住用不動産の売却許可を求めたり、成年後見人としてはやることがいくつかありますし、結構大変です。
しかも、親族が後見人だとタダ働きです。
ご自身がなぜ、そんなことを妹さんのためにやるのかわからいません。

また、別にそんなことをしてあげる必要がないなら、しなければ不動産の売却は出来ませんから、ご自身の目的（質問の「実家の売却を阻止する方法はありますか？」について）も達成されます。
つまり、悩むだけ無駄でしかありません。

なお、妹さんに施設費用の折半を求める場合、なかなか難しいですが、例えば家庭裁判所に親の扶養についての調停を起こしてみてはいかがでしょうか。

上記のいずれについても、詳細によっては方針や対応が変わってきます。
素人判断で失敗しないために、地元の弁護士に面談での相談を予約して、相談なさることをお勧めします。

回答いたします。
地主に借地権を引き取ってもらうということでしたら、地主が買う意向がなければ買い取ってもらうことはできません。
第三者に売却するということでしたら、買い取りたい第三者を見つければ売却できる可能性があります。

相続財産の内容・資産評価とお母様の認知症の程度が不明ですが、相続財産については、主たる財産は借地権と借地上の建物、お母様の認知症の程度は軽度であることを前提にして回答します。
　結論として、遺産分割については、すべてお母様が相続する内容の遺産分割協議を成立させ、借地権の名義変更もすべて完了させるべきであろうと考えます。
　ご自身の体調あるいは妹夫婦の長男の問題を、お父様の相続に関する遺産分割協議の際の検討ファクターにいれると収拾がつかなくなります。お母様の今後の介護に支障が生じないようにするという方針のもとに単純に考えた方がいいでしょう。主たる相続財産が不動産しかなく、預貯金の残高に不安がある場合は、お母様の今後の介護資金を確保するために、借地権処分も視野にいれなくてはならないかもしれないからです。
　なお、認知症の程度が重い場合は、成年後見人の選任が問題になります。遺産分割後将来的な不動産処分も視野に入れるとなると、弁護士を成年後見人に選任することになると思います。