石川県で相続トラブルに強い相続税の相談対応可能な弁護士事務所一覧

まず、お父様が廃業と仰っていたとのことですが、
「法務局の確認したところ、廃業ではなく休眠の状態である事が判明した。」
この点、一般的に「休眠」を「廃業」と表現することはとても多いです。
むしろ、ご自身が「廃業ではなく休眠」と捉えたことにはなにか特別な理由があるのでしょうか。
「父個人の遺産は相続をするつもりでいたが、経営していた会社に借金が残っているかもしれないと不安になった。」
その可能性はあると思います。
「死亡した父の休眠中の株式会社に負債があるか知りたい」
信用情報などで調べてみることをお勧めします。
「遺産の相続と株式会社の相続は別物と考えていて」
この点、なぜ別物と思ったのか、理由はなにかあるのでしょうか。事情によりますが、お父様が代表者であれば、通常、会社の債務について保証人になっているため、実質的に別物になることは稀だと思います。
「15年前から事業の実態はなく、会社の重機、土地などは売却している状態である」
そうであれば、相続した後に、会社債務及びお父様の保証債務を時効援用して消滅させてしまうという方法もあります。
いずれにせよ、おそらく前提事実や法的知識について、かなり不安を感じますから、一度弁護士に相談に行くべきかと思います。
予期せぬ債務の抱え込みは、絶対に避けたいところですよね。

ご相談の内容についてですが、お父様の死については戸籍を調べればわかりますし、借金があるかないかは関係を断つのであれば、正直ほとんど関係ありませんん。
そのため、関係を断つためには、父方の生存者に連絡を取るより、弁護士に依頼するか、ご自身で頑張って手続きして相続放棄の手続を粛々と弟さんの分も含めて進める方が良いと思います。

遺産についての分割の話し合い（任意交渉といいます）がまとまらない場合は、家庭裁判所に遺産分割協議の調停を申し立てることになります。
しかし、調停も話し合いであることに変わりは無く、これで上手くいかなければ、裁判官が判断する審判という手続きに進むことになります。

遺言書の作成後の処分行為ですから、寄付をしたのちの残額で半分となります。ただし、質問者様の記載自体が、あまり明確ではないため、一定程度推測を入れた回答となります。より詳しくお知りになりたければ、遺言書と、遺産や寄付の内容等がわかる資料を持参して弁護士に相談してください。

ご質問の記載の「所有」や「使用」や「自分が」という言葉が、どういった意味で使用されているか、少しわからない点があるので、もしかすると少しずれた回答になるかもしれませんが、ご了承ください。

整理すると、
主債務者＝廃業済みの会社
保証人＝上記会社の代表者であった故人
だと思います。
また、１０年以上債務としては支払いはされておらず、主債務者及び保証人のいずれを見ても、そのように見える。
ということでしょうか。

これを前提とすると、時効援用は可能だと思います。
ローン会社に取引履歴の開示を求めてみてはいかがでしょうか。
この際に、相続放棄の期間中だと思いますが、放棄の検討のためとか理由を言って、相続するので払いますよというニュアンスにならないように注意してください。不安なら弁護士に任せることが望ましいです。

また、ご質問の点そのものではないですが、かなり異常な事情として、当該車はいまどこで誰か乗っているかわからないということですね。むしろこの点は大丈夫だとお考えでしょうか。
車検証もない使用者も別の車を誰かが乗っていて、それが無保険車だった場合、死亡事故等になれば、運転者だけではなく車の所有者に責任が来る可能性があります。
これをこのまま放置することはかなりのリスクだと思いますが、この点ご検討をいただいた方が良いのではないでしょうか。
老婆心ながら、ご質問以外のアドバイスとなります。

税務申告がなされているかどうか、それに基づく税金の支払いがされているかどうかは、基本的には国税庁管轄となります。管轄の税務署に確認してみてはいかがでしょうか。
ただし、ご質問者様の質問について、主語の脱落などがあり、関係性が不明な点があるため、納税義務者が誰なのか等、少し不明確です。税金については複雑なところが多いですから、いずれにせよ、税務署で確認してみると良いと思います。

ご質問の内容について、前提がほとんどわかりませんので、ずれた解凍でしたらご容赦ください。

３０年前にお父様の車を、お父様の承諾を得て売却していたが、最近お父様がお亡くなりになって、遺産分割協議をしようとしたところ、当該車の売却が犯罪だと妹が言ってきたので、ご自身の配偶者が刑務所に入れられるのではないかというご心配だとして、回答します。

時期が３０年前ですから、自動車を売却したことが仮に犯罪だとしても時効です。
また、仮に自動車の売却が時効にならないとしても、そんなものは遺産分割協議（家事事件または民事事件）での処理となるので、警察が立件することは考えにくいです。

これを踏まえて、現在、妹さんと遺産分割協議について、異常な部分で揉めているようですから、弁護士に相談して、必要であれば依頼してみてはいかがでしょうか。
お互いの言い分を整理していかないと、話はまとまらないと思われます。