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慰謝料は必ずしも請求できないとは限りませんが、あまり認められる可能性は高くはないと思われます。とはいえ、だからと言って諦めろというものではありません。
そもそも、遺言書がない場合、相続分は相続人が御自身と妹さんの２人なら、２分の１ずつとなりますし、遺言書があり、その内容が「全て妹に」というものでしたら、遺留分を請求できます。
また、妹さんがお母様の生前に使いも身をしているならば、その点も問題とすべきでしょう。
これらを行うために、家庭裁判所に遺産分割協議の調停を起こしてみてはいかがでしょうか。申立書に、これらのことをしっかりと書いて、調停で対応してもらうのがよいと思います。

ご質問の点、「特別寄与分」と書かれていますが、おそらく「特別受益」のことを仰っているのだと思いますので、その前提での回答となります。

結論としては、遺産分割協議の中でご自身が主張していくのは自由ですが、結果として認められる可能性は低いと思われます。
特別受益とは、まさに、「特別」のものであって、仰るような程度だと、絶対に無理とまでは言いませんが、裁判所が認める可能性は高くはないと思われます。

遺言書の作成後の処分行為ですから、寄付をしたのちの残額で半分となります。ただし、質問者様の記載自体が、あまり明確ではないため、一定程度推測を入れた回答となります。より詳しくお知りになりたければ、遺言書と、遺産や寄付の内容等がわかる資料を持参して弁護士に相談してください。

相続放棄は当該相続人の意思に基づいてのみ行えますから、ご自身がどうこうとしてもできるものではありません。
また、相続放棄は相続開始を知ったときから３か月以内に行う必要があるため、この点でも時すでに遅しです。

いまからできる方法は、遺産分割協議を行い、その中で弟さんの受領分をゼロなどにするという程度でしょうか。しかし、これも弟さんが同意しないといけません。
また、弟さんは実家の不動産に住んでいるのでしょうか。そうだとすると、当該不動産をどのように処分等するかも問題となります。
問題点は山積だと思いますから、考えられる方法は遺産分割協議調停等ですが、一度相続に強い弁護士に相談して、方針をしっかりと考えてみてはいかがでしょうか。

税務申告がなされているかどうか、それに基づく税金の支払いがされているかどうかは、基本的には国税庁管轄となります。管轄の税務署に確認してみてはいかがでしょうか。
ただし、ご質問者様の質問について、主語の脱落などがあり、関係性が不明な点があるため、納税義務者が誰なのか等、少し不明確です。税金については複雑なところが多いですから、いずれにせよ、税務署で確認してみると良いと思います。

ご質問の記載の「所有」や「使用」や「自分が」という言葉が、どういった意味で使用されているか、少しわからない点があるので、もしかすると少しずれた回答になるかもしれませんが、ご了承ください。

整理すると、
主債務者＝廃業済みの会社
保証人＝上記会社の代表者であった故人
だと思います。
また、１０年以上債務としては支払いはされておらず、主債務者及び保証人のいずれを見ても、そのように見える。
ということでしょうか。

これを前提とすると、時効援用は可能だと思います。
ローン会社に取引履歴の開示を求めてみてはいかがでしょうか。
この際に、相続放棄の期間中だと思いますが、放棄の検討のためとか理由を言って、相続するので払いますよというニュアンスにならないように注意してください。不安なら弁護士に任せることが望ましいです。

また、ご質問の点そのものではないですが、かなり異常な事情として、当該車はいまどこで誰か乗っているかわからないということですね。むしろこの点は大丈夫だとお考えでしょうか。
車検証もない使用者も別の車を誰かが乗っていて、それが無保険車だった場合、死亡事故等になれば、運転者だけではなく車の所有者に責任が来る可能性があります。
これをこのまま放置することはかなりのリスクだと思いますが、この点ご検討をいただいた方が良いのではないでしょうか。
老婆心ながら、ご質問以外のアドバイスとなります。

借金をはじめ、多くの契約は「契約書」「借用書」という文書が無くとも有効に成立します。
今回、弟さんは借金の事実を認めているのでしょうか。
その場合、仮に相続人が貴方と弟さんのお二人なら、お父様の生前の弟さんへの貸付債権は、貴方と弟さんのお二人で分割して相続し、弟さんの相続する部分は債権者と債務者が同一なので、消滅します。
その結果、貴方の相続部分、つまりお父様が弟さんへ貸し付けた金額の半分について、貴方は弟さんに請求ができますから、相続財産の分配で清算することが合理的となります。

ただし、以上の説明は、シンプルな法律関係を前提としており、相続財産の内容や、貸付時期、お父様の生前意思、弟さんの返済状況等により話は変わってきますから、ちゃんと弁護士に面談して相談することをおすすめします。