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相続放棄は当該相続人の意思に基づいてのみ行えますから、ご自身がどうこうとしてもできるものではありません。
また、相続放棄は相続開始を知ったときから３か月以内に行う必要があるため、この点でも時すでに遅しです。

いまからできる方法は、遺産分割協議を行い、その中で弟さんの受領分をゼロなどにするという程度でしょうか。しかし、これも弟さんが同意しないといけません。
また、弟さんは実家の不動産に住んでいるのでしょうか。そうだとすると、当該不動産をどのように処分等するかも問題となります。
問題点は山積だと思いますから、考えられる方法は遺産分割協議調停等ですが、一度相続に強い弁護士に相談して、方針をしっかりと考えてみてはいかがでしょうか。

まず、お父様が廃業と仰っていたとのことですが、
「法務局の確認したところ、廃業ではなく休眠の状態である事が判明した。」
この点、一般的に「休眠」を「廃業」と表現することはとても多いです。
むしろ、ご自身が「廃業ではなく休眠」と捉えたことにはなにか特別な理由があるのでしょうか。
「父個人の遺産は相続をするつもりでいたが、経営していた会社に借金が残っているかもしれないと不安になった。」
その可能性はあると思います。
「死亡した父の休眠中の株式会社に負債があるか知りたい」
信用情報などで調べてみることをお勧めします。
「遺産の相続と株式会社の相続は別物と考えていて」
この点、なぜ別物と思ったのか、理由はなにかあるのでしょうか。事情によりますが、お父様が代表者であれば、通常、会社の債務について保証人になっているため、実質的に別物になることは稀だと思います。
「15年前から事業の実態はなく、会社の重機、土地などは売却している状態である」
そうであれば、相続した後に、会社債務及びお父様の保証債務を時効援用して消滅させてしまうという方法もあります。
いずれにせよ、おそらく前提事実や法的知識について、かなり不安を感じますから、一度弁護士に相談に行くべきかと思います。
予期せぬ債務の抱え込みは、絶対に避けたいところですよね。

遺言書の作成後の処分行為ですから、寄付をしたのちの残額で半分となります。ただし、質問者様の記載自体が、あまり明確ではないため、一定程度推測を入れた回答となります。より詳しくお知りになりたければ、遺言書と、遺産や寄付の内容等がわかる資料を持参して弁護士に相談してください。

後日の思い出しての８５０万円というのは、むこうはなにを根拠に請求してきたのかによって、判断は変わる可能性が大いになります。
しかし、仮に脅されて支払いを余儀なくされた場合、強迫による支払いは取り消し可能である可能性がありますので、実際にどうか、お近くの弁護士にぜひご相談ください。

ご質問のケースおよそ自分では行動しない口だけは出してくる方がいるということでしょうか。
「全ての口座解約に行かないとダメだという兄弟がおり」
ということで、その方が全部やればよいだけというのが正論のような気がします。
なお、通常、相続手続きで金融機関の口座を解約する場合、銀行所定の用紙に相続人全員の実印と印鑑証明を添付するか、適式の遺産分割協議書が必要です。非常に手間がかかります。

ご質問の内容について、ご自身が御実家ご両親のために非常に後見なさっておられる状況よく分かります。
また、負担となる不動産について、長男に引き取ってほしいというご希望もお考えとして理解できるところです。

さて、では法律的にどうかと申しますと、
「自身の不動産共有部分を、相手に強制的に押し付けることができるか？」
という手段があるかどうかで言えば、これはありません。
説明は法律的に長くなるので割愛しますが、端的には、共有部分受け取るかどうかは受け取る側の意思にかかる。ということです。

その上で、仮にご要望を実現できるとすれば、長男に譲渡する契約を行い、ご自身と長男で登記の共同申請手続きをすることにならざるを得ません。
なかなか思うようにならないところですが、例えば、遺産分割協議の調停を起こしてみるなどしてみてはいかがでしょうか。

ご質問の記載の「所有」や「使用」や「自分が」という言葉が、どういった意味で使用されているか、少しわからない点があるので、もしかすると少しずれた回答になるかもしれませんが、ご了承ください。

整理すると、
主債務者＝廃業済みの会社
保証人＝上記会社の代表者であった故人
だと思います。
また、１０年以上債務としては支払いはされておらず、主債務者及び保証人のいずれを見ても、そのように見える。
ということでしょうか。

これを前提とすると、時効援用は可能だと思います。
ローン会社に取引履歴の開示を求めてみてはいかがでしょうか。
この際に、相続放棄の期間中だと思いますが、放棄の検討のためとか理由を言って、相続するので払いますよというニュアンスにならないように注意してください。不安なら弁護士に任せることが望ましいです。

また、ご質問の点そのものではないですが、かなり異常な事情として、当該車はいまどこで誰か乗っているかわからないということですね。むしろこの点は大丈夫だとお考えでしょうか。
車検証もない使用者も別の車を誰かが乗っていて、それが無保険車だった場合、死亡事故等になれば、運転者だけではなく車の所有者に責任が来る可能性があります。
これをこのまま放置することはかなりのリスクだと思いますが、この点ご検討をいただいた方が良いのではないでしょうか。
老婆心ながら、ご質問以外のアドバイスとなります。